Matic Kisovec, Odsek za molekularno biologijo in nanobiotehnologijo, Kemijski inštitut, Ljubljana
Strukturna biologija je znanstveno področje, kjer z različnimi biokemijskimi in biofizikalnimi pristopi raziskujemo tridimenzionalno zgradbo bioloških molekul (beljakovine, maščobe, DNK, …).
Krioelektronska presevna mikroskopija je v zadnjih desetih letih doživela hiter tehnološki razvoj in zato postala izjemno močno orodje na področju strukturne biologije. Izboljšave na področju priprave vzorcev, senzorjev elektronov in delovanja optičnega sistema krioelektronskega mikroskopa so privedle do večkratnega povečanja hitrosti zbiranja podatkov. Velika količina slikovnih podatkov zahteva zmogljive podatkovne shrambe ter primerno zmogljiva računska vozlišča za analizo. Algoritmi za analizo posnetkov so v tem času tudi močno napredovali. Analiza poteka skoraj izključno na grafičnih karticah in v določeni meri zahteva neposredno interakcijo uporabnika_ce s programsko opremo med izvajanjem opravil na računalniški gruči.
Mnogi uporabniki_ce programske opreme za analizo krioelektronskih posnetkov imajo omejeno računalniško znanje saj gre običajno za osebe z biokemijskim ozadjem, ki se ukvarjajo z določenim farmacevtskim/biokemijskim//biološkim izzivom in je krioelektronska mikroskopija le eno izmed orodij, ki jih uporabljajo pri svojem delu. To pomeni, da mora biti dostop do orodij za analizo preprost in običajno zahteva nekaj dodatnega izobraževanja za uporabnike_ce.
To je nekaj izzivov s katerimi se srečujemo pri analizi posnetkov iz krioelektronskih mikroskopov in jih lahko učinkovito ter hitro rešujemo z uporabo zmogljivih superračunalnikov, podporo iz strani administratorjev_k superračunalnika in finančno podporo organov, ki skrbijo za razvoj superračunalnikov v Sloveniji in Evropi.